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時は23世紀。
ジェームズ・T・カーク（ウィリアム・シャトナー）、モンゴメリー・スコット（ジェームズ・ドゥーアン）、パヴェル・チェコウ（ウォルター・ケーニッグ）の退役した宇宙艦隊士官たちは、宇宙船エンタープライズBの処女航海にゲストとして招かれた。
ところが、テスト航行中に予期せぬ出来事が起きてしまう。
ネクサスと呼ばれる謎のエネルギー・リボンに捕らわれた2隻の輸送船を発見したのだ。
危険な救出作業の過程で、カークは宇宙空間に放り出されてしまった。
その70年後、ジャン・リュック・ピカード艦長（パトリック・スチュワート）とエンタープライズDのクルーたちは、ソラン（マルコム・マクダウェル）というエルオーリア人の科学者を救助する。
ピカードに気づかれることなく、ソランは恐るべき計画を進めていた。
それは、エンタープライズ号を破壊し、何百万人もの命を奪うことになるのだ。
そのときピカードにとって唯一の希望はネクサスの中にあった…それは過去からやってきた伝説の人物である。