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あらゆる金属を食い尽くす科学物質?ナノマイト?が邪悪なテロ組織?コブラ?に強奪された。
その輸送任務に就いていた兵士のデュークとリップコードは、最強の国際機密部隊?G.Iジョー?に入隊して、コブラとの対決に臨む。
しかし、コブラはナノマイトを搭載したミサイルでエッフェル塔を破壊。
阻止しようとしたデュークは敵に捕まってしまう。