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母星とのコンタクトに成功し、地球を去ることになったアルフ。
その送信を受信していた軍はアルフを捕らえ、証人保護プログラムをタナー一家に適用し、彼らをアイスランドへ飛ばしてしまう。
エドモンズ空軍基地では意見聴取が行われ、アルフを無害であると主張するヒル少佐と、アルフを危険視するミルフォイル大佐(M・シーン)が激しく対立する。
委員会の採決前に、ミルフォイルはひそかにアルフを毒殺しようとする。
それを察知したヒル(J・ダジェット)とマリカン大尉(W・オリアリー)は、アフルを軍施設から連れ出し、エイリアンの権威であるデクスター(M・ファーラー)の豪邸を目指す。
デクスターは彼らを歓迎し、アルフは豪邸での快適な生活を楽しむ。
だがデクスターのパソコンを偶然立ち上げたマリガンは、デクスターの恐るべき計画を発見する！