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ジャックは手に入れた手がかりから謎を解くために、大学の図書館で調べていた。
そこへ軍隊とコール率いる傭兵達が迫りくる。
命からがら逃げ出し、エルドラドへの鍵が首飾りである事を突き止めるが、ジャックは何者かにさらわれ、マリアとゴードンも軍隊に連れて行かれてしまう。
ジャックは権力者と手を組んだ他のループによってさらわれていた。
鍵となる首飾りが死者の都＂ネクロポリス＂にあることを知った軍隊・傭兵・権力者・トレジャーハンターそれぞれがそれぞれの思惑を抱きエルドラドを目指す。
ジャックは仲間の救出を条件にループ達と行動を共にする。
目的地に向かう軍隊を待ち伏せし、奇襲してマリア達を助け出し、ジャックはエルドラドに向かう。
果たして伝説のエルドラドは存在するのか？