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音楽家ばかりを狙う連続殺人事件が発生。

被害者はみな、高名な元ピアニストが主催する音楽アカデミーの教え子であった。

一方、コナンたち一行は、彼が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれる。

世界的なアーティストが集まるコンサートの主役は、一人の天才女性歌手だった。

しかし今度は、その歌手の命が狙われる。

間一髪、コナンのおかげで彼女は一命を取り留めるが、今度はコナンたちが犯人に狙われ始める。

次々と襲い掛かる犯人の魔の手。
目的はやはり、コンサートの妨害なのか?

本番当日。
会場に入る直前、コナンは何者かに襲われ意識を失ってしまう。
そうとは気付かず、会場へ向かう蘭たち。
ついにコンサートが始まった。

突然、ホールが大爆発を起こし、一面は火の海に包まれる。

しかし内部はまだ無事で、しかも完全な防音設備のため中の人々は爆発に気付かず、コンサートは続けられる。

次々と爆発するコンサートホール。
蘭や灰原、少年探偵団たちを含む1，000人以上の観客は、人質にとられてしまった。

そんな中、蘭はある事に気付く。
この旋律は、かつてどこかで聞いた事がある。

それは蘭と新一の中学時代。
果たしてこの曲が、事件の真相を解くてがかりとなるのか。

意識を取り戻したコナンは、蘭の危機を救う事が出来るのか?そして、旋律に隠された真実とは何か?